Agences de moyens et fondations
La Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)
L’Agence allemande de moyens pour la recherche (Deutsche Forschungsgemeinschaft, DFG) est le principal outil de soutien aux projets de la recherche universitaire en Allemagne. Des experts nationaux et internationaux établissent une sélection sur la base de l’excellence scientifique. Un objectif central de la DFG est la promotion des chercheurs les plus talentueux. 
Elle accorde de ce fait une grande importance au soutien aux jeunes chercheurs ainsi qu’à l’amélioration continue de l’attractivité de l’Allemagne comme pays de recherche. Promouvoir la coopération scientifique transdisciplinaire et internationale est également une priorité.
Les différents programmes d’actions de la DFG sont les suivants :
- projets de recherche individuels,
- centres de recherche coordonnée(Sonderforschungsbereich – SFB),
- programmes prioritaires,
- écoles doctorales,
- centres de recherche.
Son budget total était de 2,5 Mds€ pour l’année 2011, dont 65% provenant de l’Etat fédéral et 35% des Länder. Sur le plan thématique, la DFG soutient toutes les disciplines dans quatre grands secteurs : sciences humaines et sociales (14,3%), sciences du vivant et médecine (38,7%), mathématiques et sciences de base (26%), sciences de l’ingénieur (21%). Enfin, la DFG est aussi une instance de conseil pour le gouvernement allemand.
La Fondation Alexander von Humboldt et la Deutscher Akademischer Austauschdienst (DAAD)
Deux autres organismes jouent un rôle important dans le financement personnel des chercheurs, la Fondation Alexander von Humboldt et l’Office allemand des échanges académiques (Deutscher Akademischer Austauschdienst, DAAD).
La Fondation Alexander von Humboldt dispose d’un budget annuel d’environ 100 M€ provenant pour moitié du BMBF et pour moitié du Ministère des affaires étrangères. Elle facilite des séjours de recherche de scientifiques étrangers (jeunes chercheurs et chercheurs de pointe) en Allemagne, et elle soutient les contacts scientifiques et culturels qui en résultent grâce à un important réseau d’anciens.
Le DAAD est la plus grande organisation au monde de soutien aux échanges internationaux d’étudiants et de chercheurs. En 2011, plus de 70.000 récipiendaires ont obtenu environ 348 M€ à travers différents programmes.
Les Projektträger ou « gestionnaires de projets » sont chargés de mettre en oeuvre des programmes de recherche depuis la gestion des appels d’offre des projets, jusqu’à l’attribution des financements. Ils sont basés au sein des centres de recherche (principalement de la HGF mais également auprès d’autres établissements de recherche) et remplissent des missions de gestion scientifique, technique et administrative. Ils constituent ainsi le pilier du système de soutien de la recherche sur programmes du BMBF.
La part du financement sur projets en Allemagne est très importante : 44% du financement provenant de l’Etat fédéral pour la R&D en 2010 ont été investis dans des projets sélectionnés sur appels d’offre.